Description technique du jeu de données de la liste des taxons identifiés grâce au métacodage de l'ADN

La collecte de données et l’échantillonnage ont été réalisés conformément au Manuel de terrain du Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA) – cours d’eau accessibles à gué (https://publications.gc.ca/site/fra/9.640371/publication.html) et à la Procédure pour le prélèvement d’échantillons d’ADN de macroinvertébrés benthiques dans les cours d’eau accessibles à gué (https://stream-dna.com/wp-content/uploads/2021/03/Procedure-EN-COURS-DEAU-pour-le-prelevement-dechantillons-dADN-v1.1.pdf). L’utilisation de ces protocoles dans l’échantillonnage de macroinvertébrés benthiques aux fins d’identification par l’ADN est représentée par « DNA pilot » dans le champ de protocole.
Tous les échantillons de macroinvertébrés benthiques ont été traités et analysés par le laboratoire Hajibabaei du Centre for Biodiversity Genomics de l’Université de Guelph (http://hajibabaei.ibarcode.org/) à l’aide de la technologie de métacodage à barres de l’ADN afin de produire des séquences d’ADN. Ces séquences ont ensuite été traitées au moyen du « pipeline » bioinformatique MetaWorks aux fins de classification taxinomique (Porter et Hajibabaei, 2022).

Les listes de taxons identifiés par l’ADN au rang de genre ont été formatées par ECCC pour répondre aux exigences de la base de données du RCBA, notamment en réduisant les listes aux macroinvertébrés aquatiques pertinents (p. ex. en enlevant les taxons terrestres) pour les milieux aquatiques canadiens. (c.àd. conformément aux Méthodes de laboratoire du RCBA : traitement, taxinomie et contrôle de la qualité des échantillons de macroinvertébrés benthiques, janvier 2020 [https://publications.gc.ca/site/fra/9.895040/publication.html]), en assurant la standardisation des noms taxinomiques (conformément au Système d’information taxinomique intégré [https://www.itis.gov/]) et en respectant les exigences en matière de formatage des données.
Trois fichiers de données sont disponibles pour cet ensemble de données, y compris les fichiers .csv sur les invertébrés benthiques, les renseignements de l’étude et les données d’habitat. 
* Le fichier Benthic data.csv (données sur le benthos) comprend des listes de taxons au rang de genre où la présence d’un taxon est indiquée par la valeur 1 dans la colonne Count (dénombrement). Si un taxon ne figure pas dans la liste ou s’il a la valeur 0, il n’a pas été détecté dans l’échantillon par analyse de métacodage à barres. Les autres renseignements comprennent le nom du taxinomiste et les valeurs ITIS. Veuillez noter que les valeurs SubSample (souséchantillon) et Total Sample (échantillon total) sont toutes deux égales à 100, car l’échantillon entier a été traité lors de l’analyse par métacodage à barres.
* Le fichier Study data.csv (données de l’étude) fournit des renseignements sur l’étude (y compris l’objectif et la description de l’étude), la date d’échantillonnage, l’emplacement, la description de site (y compris l’autorité responsable des données) et les codes de sites de remplacement.
* Le fichier Habitat data.csv (données d’habitat) fournit des renseignements sur le protocole et les variables, notamment le type, la description et la valeur des variables. Remarque : si aucune information sur l’habitat n’est indiquée, veuillez consulter le champ Alternative Site Code dans le fichier Study data.csv pour l’étude du RCBA où ces renseignements sont disponibles.

Quelques renseignements supplémentaires sur ces fichiers de données :
* Les échantillons sont identifiés par des codes de site uniques, la date d’échantillonnage et, dans le cas d’échantillons multiples à une date donnée, par des numéros d’échantillons (p. ex. échantillon numéro 1, échantillon numéro 2, échantillon numéro 3). 
* Il y a deux types de sites dans cet ensemble de données (sites de référence et sites d’étude). Le statut de site de référence et de site d’étude est déterminé par l’autorité responsable des données concernée. Pour plus de renseignements sur les critères du statut de référence ou d’étude pour un site donné, veuillez communiquer avec l’autorité responsable des données (identifiée dans la description du site).
* Lorsque des échantillons appariés (morphologiques et d’ADN) de macroinvertébrés benthiques ont été prélevés, les données taxinomiques morphologiques et d’habitat sont enregistrées séparément sous l’étude RCBA pertinente, qui est mentionnée dans le champ Alternate Site Code (l’autre étude y sera indiquée). Les données ouvertes pour ces échantillons appariés se trouvent sur le portail de données ouvertes du gouvernement du Canada pour le RCBA (https://open.canada.ca/data/fr/dataset/13564ca4-e330-40a5-9521-bfb1be767147).
* Les autorités responsables des données pour chaque échantillon sont identifiées dans le champ Site Description correspondant.

Références
Porter, T.M. et Hajibabaei, M. (2022). MetaWorks: A flexible, scalable bioinformatic pipeline for high-throughput multi-marker biodiversity assessments. PLOS ONE, 17(9), e0274260. doi: 10.1371/journal.pone.0274260